小晴,一个平凡的男孩,和有点不负责的妈妈——维达生活在热带的雨林中,每天都是在摘香蕉,打游戏,在学校和瞌睡老师与一群傻傻的同学打交道中度过。一天,小晴去摘香蕉,遇见了一奇怪而巨大的影子。当晚,维达带了一位可爱的小女孩——阿布回家。第二天,阿布变成了一个完成不同性格的人。毫不犹豫的吞下了小晴喜欢的小鸟,甚至吞下了小晴…… 在阿布的胃里,有着一个超现实的世界。小晴的恶梦生活也开始揭开了序幕。
本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇。剧中,听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新登场,而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。
19世纪末沉入新加坡近海,全球最大的蓝宝石“绀青之拳”,被当地的富豪看中想要回收,当他出现的时候,却发生了杀人案。现场留下了怪盗基德的血色预告书。另一方面,为了观赏在新加坡举行的空手道比赛,小兰和园子一起来到了新加坡。而没有护照的柯南只能留在日本,不过却被基德用魔术的方法强制带去了新加坡。如果不听话就回不去日本,于是柯南只能被剥夺了眼镜、手表、衣服等等进行变装,当被没认出他来的小兰问到名字时,自称“亚瑟·西莱斯”。基德获悉了沉睡于某宅邸地下金库的绀青之拳的情报,轻松地成功潜入,却发现400战全胜的最强空手