被黑暗组织的人灌下毒药,身体变小了的高中生侦探工藤新一,化名为江户川柯南隐藏身份,并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀,灰原哀想从组织脱离,也喝下毒药,以小学生的形象隐藏身份。铃木集团的新饭店落成,受铃木集团大小姐铃木园子的邀请,柯南、小兰、阿笠博士,小哀等人都出席了宴会。宴会当中,吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里,含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子……
工藤新一,米花高中二年级学生,与小兰是青梅竹马,两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力,被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说,最崇拜福尔摩斯,另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869,但是没有死,只是变成了小孩,改名江户川柯南(取自两个侦探小说里的人名)。幸亏智力没有衰退,还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索,而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班,认识了步美、元太、光彦三人,还成立了少年侦探团。不管是变小前后,都是音痴,唱歌走音非
集合了各个领域的超一流高中生,为了培育他们而设立的,政府公认的特权学园“私立希望之峰学园”。这所学园,存在着集中了超高校级的才能的“本科”,以及只要支付高额学费,就谁都可以进入的“预备学科”。不仅是才能,性格也独具个性的本科77期生。但他们不仅固执于才能,还学习了“人生重要的事物并非是才能,而是经由人际关系打造人格,并制造出回忆”,各自讴歌着如同普通的高中生一般的学园生活。但,随着神秘计划在水面下的执行,学园所带来的学科差别开始横行。以及,渴望着才能的预备学科的少年·日向创。他所引起的命运的邂逅,将学园、
日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号,为庆祝该邮轮的处女航,八代商船邀请各界名流参加,上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请,因行程安排铃木夫妇无法出席,园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云,美酒佳肴,众人无不陶醉于这美好的假期之中。但是,这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架,接着八代商船的女社长贵江被人杀害,与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久,贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都
铃木次郎吉以远高于他人出价的3亿美金将梵高的名作《向日葵》拍下。这则梦幻大新闻向全世界播出,柯南与小兰也津津有味的看着转播。当正要征集专门保护《向日葵》的护卫队“七大武士”的时候,怪盗基德突然出现,宣战预告。就在此时,在一片骚动的会场上,出现了追随基德而来的高中生侦探工藤新一的身影。不久之后,载有《向日葵》的客机在飞往日本的途中受到了“白色身影”的突然袭击。飞机发生爆炸,画被盗走。围绕独一无二的珍宝,谎言与真实交织的艺术推理剧拉开序幕。
村香不幸于交通意外中逝世,其心脏被移植到来自台湾的杀手李香莹身上。之后,李香莹脱离组织,成为冴羽獠的女儿,共组新的城市猎人。 与原作漫画一样,以《城市猎人》的平行世界为背景,部分设定与《城市猎人》有所不同。